Năm 1545, Nguyễn Kim mất, con rễ là Trịnh Kiểm lên nắm quyền. Nguyễn Hoàng xin vào Thuận Hóa (Huế). Chiến tranh Trịnh – Nguyễn từ năm 1627 – 1672 bất phân thắng bại, nên lấy sông Gianh làm ranh giới: Đàng Ngoài (họ Trịnh) và Đàng Trong (họ Nguyễn).
Hai bên đều xây dựng cho mình chính quyền riêng. Tuy nhiên, chính quyền Đàng Trong so với nhà nước Lê - Trịnh ở Đàng Ngoài vẫn chưa hoàn chỉnh, mới chỉ có chính quyền địa phương dưới sự cai quản của chúa Nguyễn, chưa có chính quyền trung ương.
Chính quyền Đàng Trong so với nhà nước Lê - Trịnh ở Đàng Ngoài vẫn chưa hoàn chỉnh, mới chỉ có chính quyền địa phương dưới sự cai quản của chúa Nguyễn, chưa có chính quyền trung ương.