- Không chấp nhận chính quyền của họ Mạc, một số quan lại cũ của nhà Lê, đứng đầu là Nguyễn Kim đã họp quân, nêu danh nghĩa “Phù Lê diệt Mạc” nổi dậy ở vùng Thanh Hóa.
- Thành lập một nhà nước mới gọi là Nam triều để đối lập với họ Mạc ở Thăng Long - Bắc triều.
⟹ Năm 1545, chiến tranh Nam - Bắc triều bùng nổ.
* Nguyên nhân chiến tranh Trịnh - Nguyễn:
- Sau khi Nguyễn Kim chết, con rể là Trịnh Kiểm tiếp tục sự nghiệp “Phù Lê diệt Mạc”. Để thao túng quyền lực vào tay họ Trịnh, Trịnh Kiểm tìm cách loại trừ phe cánh họ Nguyễn. Lo sợ trước tình hình đó Nguyễn Hoàng (con thứ của Nguyễn Kim) xin vào trấn thủ đất Thuận Hóa.
- Tại Thuận Hóa, Nguyễn Hoàng xây dựng cơ nghiệp của họ Nguyễn, trở thành thế lực cát cứ ở Đàng Trong, dần tách khởi sự lệ thuộc với họ Trịnh ở Đàng Ngoài.
⟹ Năm 1627, lo sợ thế lực họ Nguyễn lớn mạnh, chúa Trịnh đem quân đánh vào Thuận Hóa, chiến tranh Trịnh - Nguyễn bùng nổ.