Trong thiên nhiên có 2 chuỗi thức ăn cơ bản: chuỗi thức ăn thực vật được khởi đầu bằng thực vật và chuỗi thức ăn phế liệu hay mùn bã hữu cơ (gọi là detrit) được khởi đầu bằng mùn bã (hay detrit):
Thực vật → Động vật ăn thực vật → Động vật ăn thịt các cấp
Mùn bã hữu cơ → Động vật ăn mùn bã → Động vật ăn thịt các cấp
Chuỗi thức ăn thứ hai là hệ quả của chuỗi thức ăn thứ nhất. Mùn bã hữu cỡ chính là những chất bài tiết của động vật và mảnh vụn xác động, thực vật đang trong trạng thái đang bị phân giải bởi vi sinh vật. Hai chuỗi thức ăn hoạt động đồng thời, song tuỳ nơi, tuỳ lúc mà một trong 2 chuỗi trở thành ưu thế.
Trong thiên nhiên có các loại chuỗi thức ăn cơ bản: chuỗi thức ăn khởi đầu bằng thực vật và chuỗi thức ăn khởi đầu bằng sinh vật phân giải.
Trong đó, chuỗi thức ăn khởi đầu bằng sinh vật phân giải là hệ quả của chuỗi thức ăn bắt đầu bằng thực vật. Những chất bài tiết của động vật, mảnh vụn xác động thực vật thường bị phân giải. Hai chuỗi thức ăn hoạt động đồng thời nhưng tùy nơi, tùy lúc mà một trong hai chuỗi trở thành ưu thế. VD: Trên đồng cỏ vào mùa xuân hè, cỏ non dồi dào là nguồn thức ăn phong phú cho trâu bò và các loài côn trùng ăn cỏ. Vào mùa đông, cỏ cằn cỗi, úa vàng, chuỗi thức ăn khởi đầu bằng sinh vật phân giải trở nên ưu thế hơn.