Căn cứ vào cấu trúc không gian để phân loại prôtein. Các prôtein đều được cấu tạo từ chuỗi pôlipepetide (cấu trúc bậc một), nếu các chuỗi này xoắn hoặc gấp lại trong không gian sẽ tạo nên cấu trúc bậc hai, cấu trúc bậc hai cuộn lại thành từng búi có dạng lập thể sẽ tạo cấu trúc bậc ba và khi nhiều chuỗi pôlipepetide phối hợp nhau sẽ tạo nên cấu trúc bậc bốn.