Ưu thế lai lại thường cao nhất ở F1 và giảm dần ở đời sau là vì theo học thuyết siêu trội, ở trạng thái dị hợp tử về nhiều cặp gen khác nhau, con lai có kiểu hình vượt trội so với bố mẹ có nhiều gen ở trạng thái đồng hợp tử khi ta cho lai hai dòng thuần chủng; F1 sẽ mang kiểu gen dị hợp => tổ hợp tất cả các tính trội của bố và mẹ, ở các đời tiếp tỷ lệ các kiểu gen theo đồng hợp tử tăng, dị hợp tử giảm làm giảm phẩm chất ở đời con.
Vì ở đời sau, các alen lặn có thể tổ hợp với nhau thành đồng hợp lặn tạo điều kiện cho alen lặn có hại biểu hiện ra kiểu hình, ở đời sau tần số kiểu gen dị hợp giảm, đồng hợp tăng.
Sở dĩ ưu thế lai thường biểu hiện cao nhất ở đời F1 rồi sau đó giảm dần là vì ở các thế hệ sau, mức độ dị hợp tử sẽ giảm dần, đồng hợp tăng lên (trong đó, đồng hợp lặn có điều kiện biểu hiện ra kiểu hình).