Hiện tượng “quen thuốc” của vi khuẩn gây bệnh đối với các loại kháng sinh xảy ra do:
Trong quần thể vi sinh vật có nhiều dột biến cùng phát sinh đột biến có khả năng kháng thuốc và đột biến không có khả năng này.
Khi dùng thuốc kháng sinh thì các vi khuẩn không có tính kháng bị tiêu diệt còn các cá thể có tính kháng vẫn tồn tại và sinh trưởng, sinh sản bình thường tạo ra một quần thể có các cá thể có khả năng kháng thuốc → quen thuốc.
Các đột biến kháng thuốc đã có từ trước và nó được củng cố dưới tác động của chọn lọc tự nhiên.